平凡な高校生の深町晶はふとしたことから奇妙なカプセルを拾ってしまう。中から飛び出してきた怪異な物体に包まれて川へと落下する晶。その傍ら、彼のガールフレンドである瀬川瑞紀に怪物や謎の男たちが迫った。だが川から現われた別の怪人が怪物＝超獣化兵（ゾアノイド）を撃退。男たちの正体は秘密結社クロノスの一員で、カプセルは結社が作り出した人間を強化させる「ユニットガイバー」だった。ユニットガイバーで怪人＝ガイバーIへ殖装（変身）する能力を得た晶。彼とクロノスの戦いが始まる……。